Alaba từng là thành viên của các đội U-17, U-19 và U-21 Áo. Tháng 10 năm 2009, anh được triệu tập vào đội tuyển Áo cho trận đấu với đội tuyển Pháp.[31] Việc được ra sân trong trận đấu này giúp anh trở thành cầu thủ trẻ nhất trong lịch sử khoác áo đội tuyển Áo.[32][33] Anh có bàn thắng đầu tiên cho đội tuyển Áo vào ngày 16 tháng 10 năm 2012 trong chiến thắng 4-0 trước Kazakhstan tại vòng loại World Cup 2014.

Tháng 12 năm 2011, Alaba lần đầu tiên giành được danh hiệu Cầu thủ Áo xuất sắc nhất năm khi vượt qua cầu thủ người Hà Lan Nacer Barazite của Austria Wien và tiền đạo Martin Harnik của VfB Stuttgart và anh cũng trở thành cầu thủ trẻ nhất giành được danh hiệu này.[34] Một năm sau đó, anh tiếp tục giành được danh hiệu này.[35] Ngày 26 tháng 3 năm 2013, Alaba ghi bàn thắng ở phút bù giờ đem về trận hòa 2-2 cho Áo trước Ireland với một cú sút xa đẹp mắt từ ngoài vòng cấm.[36] Gần 6 tháng sau đó, anh ghi bàn thắng duy nhất của trận đấu lượt về với Ireland ở phút 84 giúp Áo tiếp tục nuôi hi vọng lần đầu tiên được góp mặt tại World Cup kể từ năm 1998.[37] Kết thúc Vòng loại World Cup 2014, anh là chân sút ghi nhiều bàn thắng nhất cho đội tuyển Áo với sáu bàn.[38]

Anh ghi bàn từ chấm phạt đền theo phong cách Panenka trong chiến thắng 4-1 trước Thụy Điển tại sân Friends Arena và với trận thắng này đội tuyển Áo đã chính thức lần đầu tiên kể từ năm 2008 vượt qua vòng loại một Giải vô địch bóng đá châu Âu để có mặt ở Pháp vào năm 2016.[39] Tuy nhiên, đội tuyển Áo đã rời giải ngay sau đó với chỉ vỏn vẹn 1 điểm, đứng cuối bảng F, 1 trận hòa và 2 trận thua, chỉ ghi được 1 bàn thắng và bị thủng lưới 4 bàn.

Sau chiến dịch vòng loại World Cup 2018 thất bại, đội tuyển Áo giành được quyền tham dự kỳ Euro thứ hai liên tiếp sau chiến thắng 2-1 trước Bắc Macedonia ngày 16 tháng 11 năm 2019, trận đấu mà chính Alaba là người đã mở tỉ số.[40]